Yoritomo Minamoto, o líder da casa Minamoto, inaugurou a época dos xogunatos. O seu foi o primeiro e ficou conhecido como o shogunato Kamakura, nome da região donde vinha, e durou entre 1185 e 1333. Em 1192 Yoritomo adquire o título de xogun. Pretende continuar militar e por isso entende que deve ter título militar. E é a partir do poder militar que irá exercer o poder político. Cria o bakufu, o governo militar. Ao contrário dos Taira, ele sabe que não se deve afastar nunca da estrutura militar que o apoiou. Por isso cria o bakufu, o governo militar, e não abandona Kamakura. Cria três gabinetes: um para reger as relações entre a família Minamoto e os seus samurai, outro para gerir as relações com a corte imperial e um outro ainda para tratar da gestão dos territórios que iam sendo conquistados e distribui-los. Yoritomo detinha um poder absoluto e em troca garantia a subsistência da corte, fazendo-lhe chegar os impostos / rendas. Estes não tinham poder, mas podiam subsistir e continuar a manter os seus rendimentos.
Com a morte de Yoritomo dão-se conflitos internos na família para a sua sucessão. Os seus descendentes mostram-se incapazes de seguir o seu forte legado. É, por isso, escolhida a família Hojo para exercer o poder. Estes não são os xoguns, antes uma espécie de regentes, e mostram-se competentes.
Mas a partir de 1260 o bakufu vai enfrentar uma série de problemas tanto internamente como externamente (invasões mongóis). Internamente verificam-se algumas mudanças na esfera social, económica e tecnológica que abanam o sistema dos shoen. E, sobretudo, conflitos na corte, com o imperador Godaigo a liderar um movimento anti-bakufu. Em 1331 este, determinado a recuperar o poder imperial, consegue a ajuda dos Ashikaga e restaura-lo entre 1333 e 1336. No entanto, esta era uma época de alianças frágeis e os Ashikaga deixam de apoiá-lo e dão golpe de estado.
Um novo período vem à tona, o do xogunato Ashikaga Muromachi, entre 1336 e 1573. Muromachi é o nome de um bairro em Quioto.
Mas nos seus inícios este período é designado por período das 2 cortes (entre 1336 e 1392), com uma corte a norte e outra a sul, em Yoshino, para onde Godaigo se tinha refugiado no sentido de esvaziar a legitimidade dos Ashikaga. Estes não perderam tempo em criar um novo imperador em Quioto.
Todavia, os Ashikaga não conseguem impor a sua autoridade perante o país. O caos social é manifesto. Facto curioso, porém, é que em termos culturais este período foi vigoroso. A guerra trazia a necessidade de se criar momentos de refúgio e encanto, disso sendo expressão a cerimónia do chá ou o ikebana, o arranjo de flores.
A instabilidade política e a violência persistiam. Os shugo, os governadores militares, passaram a deter o poder dentro dos feudos, começando já desde os tempos do xogunato Kamakura a exigir grande parte dos impostos. Com a Guerra Onin, entre 1467 e 1477 o xogunato perde o controlo do território e a relevância para os shugo, que vão tornar-se os daimio, os senhores regionais que detinham o absoluto controlo sobre o seu território e possuíam exércitos próprios. O Japão estava dividido em feudos e entramos no período dos Estados Guerreiros, ou Sengoku Jidai, com os daimio a lutarem entre si pela hegemonia territorial.
Até que a história do Japão passa a ser entregue a três grandes senhores: Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi e Ieyasu Tokugawa. Começa o período Azuchi Momoyama, entre 1573 e 1603, onde se faria a unificação do Japão.
A época era de grande instabilidade política, mas também de grandes oportunidades.
Nobunaga vinha de um feudo sem grande expressão, Owari, mas extremamente bem situado, no centro do Japão. A sua extrema capacidade de estratega militar é bem visível no plano que traçou em três passos: primeiro obter o controlo absoluto do seu feudo, eliminando a concorrência familiar, depois ser senhor do centro do Japão e, por último, ser senhor incontestado do Japão. Mas não obtém nunca o título de xogun, não só por não ter ligações familiares à família Minamoto, como por não ter ainda todo o Japão sob o seu domínio. Durante o seu percurso revela animosidade para com o budismo, defendendo que as instituições religiosas têm de ser apenas religiosas e não políticas ou militares. Fez uso das duas grandes importações da altura: o cristianismo e as armas trazidas pelos portugueses. Ao tentar controlar a ilha de Kyushu perde a batalha e acaba por suicidar-se.
Hideyoshi consegue, então, sobrepor-se aos outros três regentes do neto de Nobunaga e vai seguir o projecto de expansão deste. Com política de alianças e conquistas consegue prosseguir o sonho de Nobunaga e unificar todo o Japão sob uma mesma autoridade política. Vai fazer uma ocupação territorial estratégica, redistribuindo terras consoante a sua riqueza e posição. É ele quem decide medir a riqueza das terras com base na sua produtividade, utilizando a unidade de referência koku. E é ele também que inaugura a política de reféns que mais tarde iria ser seguida pelo xogunato Tokugawa. Hideyoshi também não alcança o título de xogun, fica com o de kampaku, o de regente do imperador. A sua estratégia era a do terror preventivo, preferia mostrar a força. Após a sua morte (diz-se que acabou louco), Ieyasu Tokugawa impõe-se aos demais daimio que asseguravam a regência na menoridade do filho de Hideyoshi na batalha que ficou conhecida como Sekigahara, em 1600.
Estes três líderes tinham personalidades muito diferentes. Conta-se a piada que, face a um pássaro que se recusava a cantar, Nobunaga, o impulsivo, disse "eu mato-o se ele não cantar", Hideyoshi, o auto-confiante, disse "eu persuado-o a cantar" e Ieyasu, o paciente, disse "eu aguardo que ele cante".
Entrámos, assim, no xogunato Tokugawa, o último, entre 1603 e 1868.
Ieyasu assentou o seu bakufu em duas ideias: regulamentação e vigilância. Ao contrário de Nobunaga e de Hideyoshi, Ieyasu obtém o título de xogun. Descobriu uma qualquer ligação à família Minamoto e era senhor de todo o Japão. Com este título assegurou uma forte legitimidade. Faz de Edo (a actual Tóquio) o centro político do país, permanecendo Quioto como capital imperial. O shogun era o senhor a nível nacional e os daimio senhores a nível regional.
O seu primeiro objectivo era manter o controlo após um século de guerra civil. Inaugura o bakufu-han, o governo militar sobre os feudos, e a estrutura do seu governo assenta num rígido controlo dos daimios. Impõe-lhes um código de conduta, buke shohatto, regulando desde os seus casamentos, suas vestes, número de samurai que podiam ter, dimensões das embarcações que podiam construir, tudo para obter a disciplina dos daimio por forma a conter os seus ímpetos de revolta. Mas a política mais emblemática sobre os daimio foi o sankin kotai, ou assistência alternada, de acordo com a qual os daimio eram obrigados a passar parte do ano em Edo e lá deixar reféns elementos da sua família (mulheres e filhos). Esta política, aliás, tinha já sido delineada por Hideyoshi. Com isto fixava a atenção da classe governante na vida da capital e, em consequência, foi desenvolvida toda uma rede de transportes, comunicação e infra-estruturas. Edo cresceu e a urbanização despontava. Em uma ou duas gerações este sistema transformou os lideres militares numa aristocracia culta.
Havia também um código de conduta para com o imperador, que era remetido a funções meramente cerimoniais.
Ieyasu procedeu a uma política de re-distribuição das terras pelos daimio, no sentido de criar laços de vassalagem e alargar a sua base de apoio. Houve dois momentos essenciais: após a batalha de Sekigahara em 1600 e Osaka em 1615. Nesta última vence definitivamente a facção do filho de Hideyoshi. Ieyasu vai usar os feudos em torno do seu território para manter uma espécie de linha de segurança. Havia toda uma hierarquia de lealdades. Os daimio shinpan, ou daimio colaterais, possuíam uma relação de parentesco com o shogun. Os fudai daimio, ou casa do xogun, haviam sido por ele criados, logo a sua lealdade era fortíssima. Por fim, os tozama daimio, ou da casa exterior, eram a velha aristocracia, algo inimigos. Estes, apesar de serem dos mais ricos, eram deixados na periferia do poder - o que mais tarde serviu para a sua reacção, que ajudaria a dar um fim ao xogunato Tokugawa.
Os Tokugawa definiram ainda toda uma hierarquia de classes. No topo da sociedade estavam os daimio e samurai, depois os camponeses e no fim os artesãos e mercadores. Havia ainda um grupo caracterizado como estando à margem da sociedade.
O grande objectivo era a promoção e manutenção da paz. A todos era exigido um contributo para alcançar esse objectivo, incluindo aos templos. Houve um investimento na educação, no sentido de formar os cidadãos para que aquele objectivo pudesse ser alcançado. Havia que procurar uma harmonia na sociedade, que perpetuar o passado, estando a ideia de progresso totalmente afastada. A ideologia neo-confucionista ganhava força, instruindo-se o cidadão para que pudesse dar um melhor contributo à sociedade.
Em tempos de paz assistiu-se a uma transformação na classe guerreira numa elite burocrática, administrativa.
No século XVIII o xogunato começou a degenerar. Xoguns mais fracos delegavam demasiado poder no conselho de anciãos, dominado pelos fudai daimio. A relação entre xogun - daimio foi sendo abalada. Por outro lado, desde 1637, aquando da revolta de Shimabara, uma revolta dos camponeses contra a política fiscal do xogunato que foi transformada numa revolta a favor do cristianismo, o país havia ficado fechado ao mundo exterior. É a política sakoku, com o período da paz sustentada. Chegados ao século XVIII havia um desajustamento entre o sistema do xogunato e a realidade do Japão, quer a nível interno quer externo. A classe guerreira vivia em período de paz, o que provocou um afastamento da sua matriz original e da sua identidade, ou seja, desapareceu o elemento estruturante do xogunato que era o laço de vassalagem entre daimio e seus guerreiros. Houve, ainda, o desenvolvimento de uma dinâmica urbana, com o crescimento das classes mercantis urbanas. Mas foi a conjuntura externa que desencadearia o fim do xogunato Tokugawa.
Em 1853 o Comodoro americano Matthew Perry chega à baia de Edo e impõe acordo que obriga à abertura do Japão e vai servir de modelo a tratados posteriores, todos humilhantes para o país. Os tozama daimio, aqueles que haviam sido remetidos para a periferia do poder, vão insistir que o xogunato perdeu a sua legitimidade de governar ao expor as fragilidades do país e ao perder a sua autoridade. Em 1867 dá-se um golpe de estado por parte de uma elite de daimio que colocam o imperador Meiji no poder. Em 1868 começaria, assim, uma nova fase do Japão, designada por Restauração Meiji e que haveria de transformar completamente o país.